Talvi- ja jatkosodasta koitunut käänteentekevin seuraus siviiliväestölle oli evakuointi. Siihen on liittynyt ja liittyy yhä asiakirjalähteiden ohella runsaasti muisti- ja perimätietoa. Myös Rautjärveltä on tätä aineistoa, johon tuo omat erityispiirteensä kunnan asema valtakunnan rajalla. Se aiheutti evakuoinnin kolmessa aallossa, kun täällä myös jatkosodan hyökkäysvaihe edellytti siirtoja.
Talvisodan evakuointi alkoi 13.3.1940 kun Moskovan rauhanteosta oli ilmoitettu. Tässä vaiheessa rintamalinjojen ja uuden rajan väliseltä alueelta oli siirrettävä vielä lyhyessä ajassa yli 100 000 ihmistä, kymmeniä tuhansia eläimiä ja valtavan aineellinen omaisuus kanta – Suomen puolelle. Etelä-Karjalassa järjestelyjä tosin helpotti hieman kolme rautatietä maan tiheimmässä rautatieverkossa.
Rautjärvellä Kiiskisen, Variksen-kylän, Vilkon ja Peusanmäen evakuointi aloitettiin heti. Muissakin kylissä saatiin evakuointimääräys, mutta sitä lykättiin rajaepäselvyyksien takia. Sijoituskunnaksi rautjärveläisille oli osoitettu Hausjärvi. Ensietappi esimerkiksi Miettilän ja Pajarin koulupiirien evakoille oli Ruokolahti. Pääreitti karjankuljetuksessa kulki Etelä-Savon kautta Hämeeseen.
Hajontaa evakkopaikkakunnissa kuitenkin oli; esimerkiksi Korpjärven ja Salohaakanalan kylistä evakuoidut kuljetettiin Lahteen ja siitä etelään akselille Riihmäki – Orimattila. Evakkomatkan päätepisteenä oli Kirvun pitäjän sijoituskuntia: Orimattila, Mäntsälä, Myrskylä ja Viljakkala. Lopulliset sijoitukset ja asutustilojen muodostaminen jäi kesken jatkosodan alkamisen vuoksi.
Rautjärven keskusalueella evakuointi aiheutti jatkuvan kaksi viikkoa kestäneen vaelluksen ja monenlaisia vaikeita tilapäisjärjestelyjä. Paikallisen rovasti Salomaan muistelmissa (Vilkko 1995) on kuvattu kirkonkylältä näiden mittakaavaa: esimerkiksi kirkkoon oli majoitettu 1000 rintamalta tullutta työvelvollista, tykkiosasto ja 400 hevosta metsään Yläpappilan taakse, ja toinen joukko Purnujärven tien varressa apteekin alueelle. Hevosia ja ihmisiäkin täytyi juottaa avannoista kun kaivovesi ei riittänyt, tien varret täyttyivät tavaroista, paperiset viljasäkit vettyivät jne.
Satoja evakkoja kulki paikallisesti pääreittiä Miettilä – kirkonkylä – asema. Rautatieasemalta ihmiset ja karja jatkoivat eri puolille Suomea. Yöpymiset tapahtuivat kaikissa mahdollisissa yksityismajoituksissa, lisäksi kirkolla mm. Pitäjäntuvalla ja Alapappilan perheen- eli väentuvassa.
Erityistä rasitusta koitui karjan hätäteurastuksista, joita on muisteltu useissa yhteyksissä. Esimerkiksi Kalpion sarain (navetan parvi), Hackmanin riihen katos, pappilan riihen edusta, Hinkkasen kaupan pihapiiri ja monen muun talon piha toimivat karjan teurastuspaikkoina. Monesti eläimiä uupui myös matkan varrella pakkaseen, kuten lukuisia lehmiä Metsäkylän Suomäellä. Laikon suunnalla työvelvolliset teurastivat karjaa. Perheitä jakautui asemapaikoissa säästääkseen karjaansa, sillä junaa sai ottaa vain kaksi lehmää kustakin talosta. Junakuljetuksissa näiden kanssa jouduttiin usein umpi- eli ”härkävaunuihin”.
Jatkosodan hyökkäysvaihe vuonna kesällä 1941 edellytti rajaseutujen evakuointia, joka koski kaiken kaikkiaan noin 45 000 henkilöä. Tämä tarkoitti myös Moskovan rauhassa (1940) jäljelle jääneen Rautjärven Neuvostoliittoon rajautuvan osan tyhjentämistä siviileistä. Evakuointi alkoi 20.6.1941 ja tässä vaiheessa se koski vain osaa rautjärveläisistä; osa ei ollut enää palannut entisille asuinsijoilleen välirauhan aikana. Ilmoitus Rautjärven evakuoinnin päättymisestä Saimaan suojeluskuntapiirin saapui 24.6. Puumalasta oli ilmoitettu 1850 rautjärveläistä toimitettaviksi eteenpäin, sijoituspaikkoina ainakin Virtasalmi ja Haukivuori Etelä-Savossa. Tilastoiduksi siirroiksi tuli myös mm. 75 000 kg viljaa sekä 1500 lehmää ja 124 sikaa.
Kolmas ja lopullinen evakuointi aloitettiin vasta Neuvostoliiton suurhyökkäyksen (9.6. – 15.7.) alettua ja johdettua läpimurtoon kesällä 1944. Se oli tosin suunniteltu jo vuonna 1943, mutta suunnitelmaa ei ehditty toteuttaa. Ajankohtaan liittyi kaoottisuutta, kuten sotilaskarkuruutta. Palanneita on Rautjärvellä laskettu vuoteen 1944 mennessä olleen 1880 henkeä, joka oli 79,2 % evakkoon lähteneistä.
Rautjärven lähiseudulla vaihe huomattiin sotilasliikenteen vilkastumisena etenkin Hiitolan tiellä ja pian Kannaksen suunnasta nousi evakkotulva. Paikallisesti talojen heinänurmia varattiin runsaasti evakkokarjalle. Ilmeen tien risteyksessä sotapoliisit tarkastivat sotilasajoneuvoja ja sotilaiden papereita. Täällä saatiin kiinni joitain sotilaskarkureita, jotka toimitettiin suojeluskunnan esikuntaan Miettilän Kasarminkankaan sairastupaan (nykyinen Kollaa- ja Simo Häyhä -museo).
Itä-Miettilän evakuointi oli kiireinen kun vuoden sato yritettiin saada rajan Suomen puoleiselle alueelle. Tässä onnistuttiin talkoilla sekä Is-komppanian ja armeijan kuorma-autojen avulla.
Syyskuussa 1944 asetettiin suunnittelukomitea kiireellistä asutustoimintaa varten. Komitean tuloksena oli ns. maanhankintalaki, joka hyväksyttiin toukokuussa 1945. Siihen liittyi oleellisesti siirtoväen sijoitussuunnitelma, joka oli laadittu niin, että pitäjä- ja kyläyhtenäisyys pyrittiin mahdollisuuksien mukaan säilyttämään. Toisena periaatteena oli pyrkiä pitämään pitäjien keskinäinen asema ja sijaintisuhde etelä-pohjoissuunnassa. Periaatteet eivät täysin toteutuneet.
Rautjärven evakkojen sijoituspaikkakunnat olivat Jääsken kihlakunnan muiden maatalousvaltaisten alueiden (Vuoksenranta, Antrea, Kirvu) tapaan kanta – Suomessa enimmäkseen maaseutupitäjiä. Lopullisesti vasta vuoden 1945 syksyllä valmistuneen ja seuraavana vuonna vauhtiin päässeen sijoitussuunnitelman mukaan evakuoitu Rautjärvi asutettiin kylittäin seuraaviin kuntiin: Ruokolahti (Iso – Ilmee: Koskenkylä, Hynnilä, Vanha – Ilmee, Miettilä), Sulkava (Iso – Ilmee: Metsäkylä, Salokylä), Juva (Siisiälä, Lankila, Korpjärvi, Iso – Ilmee: Kes-kikylä), Puumala (Haakanala, Purnujärvi), Rautjärvi (Vähikkälä, Hiivaniemi).
Sodan jälkeen siirtoväen elämään kuuluivat useat muutot evakuoinnin ja sijoittamisen jälkeenkin. Ratkaiseva vaikutus Rautjärven tulevaisuudelle olivat sotavuosien aluemenetykset: yli 40 % kunnan pinta-alasta. Kylistä Iso – ja Vanha – Ilmee, Hynnilä, Siisiälä, Lankila menetettiin kokonaan. Osia myös Miettilän, Korpjärven, Haakanalan, Purnujärven ja Vähikkälän kylistä jäi rajan taakse.