Nykyisen Rautjärven kunnan eteläosan, ns. kanta – Rautjärven alueella talvi- ja jatkosodan suurimpia vaaratilanteita erityisesti siviiliväestölle aiheuttivat ilmapommitukset, jatkosodassa myös rajan takaa tullut tykistö- ja kranaattituli. Suoraan alueelle kohdistuneisiin puolustustoimiin kuuluikin eri puolilla pitäjää maasta käsin tapahtunut ilmavalvonta ja ilmatorjunta, Kannaksen sotatoimialueelle suuntautui myös sotilaslentotoimintaa.
Talvisodassa pommitukset keskittyivät Rautjärven rautatieaseman (myöhempi Asemanseutu) ja kirkonkylän tienoille. Ilmesesti pommitusten tarkoituksena oli tuhota rautatie ja pommittaa junia. Pommituksia kokeneet paikalliset ovat muistelleet esimerkiksi sotavalaistuksen ja maastoutumisen määräyksiä ja ohjeita pimennyksistä ja naamioitumisesta (mm. musta rullaverho, valkea lakana), asemalle puhelimella saapuneen ilmavaaratiedon ilmoittaminen riiputettavaa ratakiskoa kolistamalla, asemalaiturin eteläpään ratapenkan pommisuoja ja ulkoilmassa hankeen heittäytyminen lakanasuojassa. Yleisesti ns. sotavalaistukseen kiinnitettiin huomiota. Käytäntönä oli myös ajattaa junat pääradalta metsätaipaleelle ilmahälytysten ajaksi.
Talvisodassa Rautjärvi oli rintamalinjojen taustalla, mutta sai osansa pommituksista. Ne olivat kuitenkin hajanaisia eivätkä aiheuttaneet paikkakunnalla suuria tuhoja tai ihmishenkien menetyksiä. Uhkaavin tilanne lienee ollut kirkonkylällä yleisesti muistettu vuoden 1939 joulupäivän ilmapommituksen vaara joulukirkon loppumisen aikaan. Venäläiskoneet lensivät kirkon yllä niin suurina laivueina, että näkyä on silminnäkijähavaintojen mukaan kuvattu jopa ”peltitaivaaksi, jonka Stalin uhkasi rakentaa Suomen taivaan ylle”. Pommien pudotuksia ei kuitenkaan tällä kertaa tapahtunut. Rajakylistä ainakin Miettilässä ilmatoiminta oli suhteellisen vilkasta ja ilmapommeja putosi umpimähkään silloin tällöin. Myös Purnujärvellä on muisteltu, että koulunkäynti piti lopettaa pommitusten takia ja viimeisenä koulupäivänä askarreltiin kaasunaamareita hiilestä ja side-harsosta.
Kanta-Rautjärven ja Simpeleen väliin jäävän Laikon suunnalla Kurikkamäenkankaalla toimi talvisodan aikana lentolaivue 14. Kenttä mainittiin joskus myös Ilmeen kenttänä. Kentän vaiheita ja laivueen toimintaa on käsitelty tarkasti paikallishistoriassa (Vilkko 1998).
Etenkin Neuvostoliiton ilmatoiminta on vaikuttanut Rautjärven alueella suunnittelemattomalta. Pommitukset ajoittuvat kesään 1941. Ratapenkkoihin, ratapihan eteläpäähän, Vaaherjoen törmään, rautatien läheiseen metsikköön tai edes asutuksen välittömään läheisyyteen osuneet pommit eivät silti aiheuttaneet juurikaan vahinkoa. Pommikuoppa joessa saattoi jopa parantaa vedenhankintaa. Kokkolan kylän suunnalla kesällä 1941 on mainittu vakavana tapauksena yöaikaan tapahtunut ilmahyökkäys, jolloin 12 venäläisten konetta yritti tuhota keskellä kylää sijainneen it-patterin. Muhamäen ns. Kärmäellä taas toimi jo talvisodan aikaan kunnan ainut ilmavalvonta-asema, joka tuhoutui jatkosodassa tykkitulessa 5.7.1941. Loppusodan ajan tähystettiin viereisen navetan katolta.
Suurimpana vihollisen tappiona pitäjän keskusalueella oli venäläisen pommikoneen pudottaminen 20.7.1941. Toisen käden paikallisen lähteen kautta kulkeutuneen silminnäkijätodistuksen mukaan vihollislentue tuli Savonlinnan suunnasta ja oli jo ohittamassa paikkaa, kun suomalaiset avasivat tulen. Sen jälkeen koneet kääntyivät takaisin ja torjuntatulen osuman saanut johtokone putosi Rautjärveen. Tilanne ei jatkunut, sillä tämän jälkeen muut koneet palasivat omalle puolelleen. Koska tapaus oli merkittävä sodan kannalta, koneen pudottanut jaos palkittiin teosta. Paikallinen 132. kevyt patteri sai ilmatorjuntakonekiväärin lisävarustuksekseen ja 8. Divisioonan komentaja everstiluutnantti Aaro Pajari kävi paikan päällä tervehdyskäynnillä heinäkuussa 1941.
Purnu- ja Rautjärven välille Hallilanmäelle oli heinäkuussa 1941 sijoitettu Imatralta siirretty kevyt ilmatorjuntapatteri. Vuonna 2013 samalle paikalle tuotiin 20 mm ilmatorjuntakanuuna ja samalla paljastettiin paikallinen ilmatorjujien muistomerkki. Tässä yhteydessä on todettu sotapäiväkirjoihin perustaen Rautjärven ilmatorjuntajoukkojen saaneen kesällä 1941 ainakin kuusi varmaa pudotusta.
Kesän 1941 hyökkäysvaiheen tuhoja Rautjärvellä arvioitaessa Miettilän suunta rajan tuntumassa näyttää kärsineen eniten suoran maatulen aiheuttamista taloudellisista vahingoista, joista pahin oli Miettilän suojeluskuntatalon tuhoutuminen tykkitulessa. Kranaattiosumat ovat myös vaurioittaneet tai tuhonneet taloja tai erilaisia talousrakennuksia sekä aiheuttaneet metsä- ja viljelystuhoja. 18. Divisioonan eli ns. Pajarin huoltotie jouduttiin rakentamaan kokonaan uutena kapulasiltoja soilla käyttäen, kun tänne kohdistunut tykkituli esti Miettilän kylän kautta kulkemisen. Jatkosodan asemasodan (joulukuu 1941 – kesäkuu 1944) aikana ja perääntymisvaiheessa (1944) Rautjärvi säästyi suorilta sotatuhoilta.